期刊論文
2019 The Carbon Benefit of Thinned Wood for Bioenergy in Taiwan
2012 廢耕檳榔園再造林之碳儲存變化推估─以種植桃花心木為例
2011 檳榔園轉作造林之生態系統碳儲存量變化：以921地震後的中寮為例
2010 台灣林業碳匯管理策略探討
2008 台灣二葉松地上部生物量及碳吸存量之估算
推廣性文章
2021 2050淨零排放競逐下，台灣森林碳權專案面臨哪些困境？
2021 公益植樹不等於森林碳匯植樹
2019 造林抵換專案方法學研擬與未來展望
2018 千分之四倡議―健康的土壤是氣候變遷及糧食危機的救贖金鑰
2018 台灣不乏森林資源木材卻幾乎全仰賴進口(受訪文章)
2016 國家溫室氣體排放清冊林業部門編撰實務說明
2016 由京都議定書到巴黎協議—論森林在全球氣候變化議題中角色的轉變
2013 國際森林碳標準之比較研究
2012 森林碳匯在日本抵換制度中之貢獻
2012 國際森林經營碳匯效益評析
2012 國家溫室氣體排放林業部門表現評析
2012 如何計算森林經營減碳效益─當前國際森林經營參考水平之發展趨勢
2011 從哥本哈根協議看林業碳匯之展望
2009 CDM植林計畫外加性之探討
2009 CDM植林計畫土地合格性之探討
2009 CDM 植林計畫案例分析一以中圖廣西珠江流域治理復舊造林計畫為例
2008 CDM 植林方法學之簡介與比較
計畫報告
2017 國家溫室氣體排放清冊報告
2017 建置森林長期監測調查資料整合分析機制及國家林業溫室氣體清冊報告編製1/2
2017 我國農林部門溫室氣體排放趨勢推估及減量影響評估研究
2017 森林碳管理策略分析與行動方案研擬結案報告
2016 國家溫室氣體排放清冊報告
2016 日本國家溫室氣體排放清冊英文版
2016 日本國家溫室氣體排放清冊日文版
2015 建置符合MRV原則林業溫室氣體清冊編製機制及試算(第二年)
2015 國家溫室氣體排放清冊報告
2014 國家溫室氣體排放清冊報告
2014 建置符合MRV原則林業溫室氣體清冊編製機制及試算(第一年)
2011 我國農林部門溫室氣體管理策略規劃期末報告
2009 高雄縣鳳凰山二期植林計畫先期規劃
2006 2006森林碳吸存研討會論文集
研討會論文
2016 邱祈榮 2016。國家溫室氣體排放清冊土地利用計算規劃。土地利用碳管理-國家溫室氣體排放清冊土地利用計算研討會。
2016 邱祈榮 2016。國家溫室氣體排放清冊土地利用-林業部門計算說明。土地利用碳管理-國家溫室氣體排放清冊土地利用計算研討會。
2012 邱祈榮、林俊成、何幸耘 2012。林業部門國家溫室氣體調查架構與初步計算。2012森林資源保存與利用研討會論文集p273-287。
學生論文
2015 建構台灣林地蓄積量之估算-以苗栗縣為例
2013 建構台灣森林經營參考水平
2011 地景階層林地碳儲存量之估算-以花蓮光復鄉平地造林為例
2010 植林減碳計畫運作模式之探討
2008 台糖平地造林植林造林計畫設計文件之研究
2007 台灣國有林地森林碳吸存估算方法之探討